엘그라드 제국의 카인은 하나밖에 없는 소드마스터 칭호를 가지고 있었다. 소드마스터는 특별한 존재로서 단 한명이 수백만의 전력과 맞먹는 존재였다. 카인의 존재로 인해 제국은 평화를 유지할 수 있었지만 게스타프 장군과 전쟁의 신 아레스는 제국이 평화로움을 유지하는 것을 달가워하지 않았다.

 아레스는 게스타프의 야망을 부추겨 배반을 하게 만들었고 아레스의 검에 찔린 카인은 힘을 잃고 말았다. 카인의 힘을 잃자 그동안 숨죽이고 있던 제국의 강경파들은 게스타프를 중심으로 아이난 왕국과 전쟁을 일으켰다. 아이난 왕국의 공주, 앨리스와 클레어는 아테나가 남긴 신탁을 받아 여신의 탑으로 떠났고 그곳에서 아테나를 찾아 결국 도움을 구할 수 있었다.

 많은 사건이 있었던 여신의 탑(*게임 여신의 탑 스토리 참조)에서 돌아온 아테나는 자신이 신전을 비운 동안 일어난 전쟁은 누군가의 음모였음을 깨달았고 세계의 평화를 위해 긴밀히 협력했던 카인이 배반당하고 신전에 숨어들은 것을 보았다. 아테나는 소드마스터 카인의 힘을 다시 되돌려 전쟁을 막으려 한다.

 소드마스터 카인은 흩어진 동료들을 모아 쿠데타를 일으킨 게스타프와 그의 군대를 멈춰야 한다. 그 뒤에 숨어있는 아레스의 존재는 아테나 또한 몰랐으니 마지막엔 인간과 신의 대결이 될 것이다.